. Жизнь и Разум |
_Предыдущая тема |
|
. ДНК, гены, белки |
Молекулярная биология основана физиками-ядерщиками в 30-е - 50-е годы XX столетия. "Чистые" биологи в те времена ограничивали свою глубину познания жизни еще только уровнем оптических микроскопов и многолетних наблюдений. Важнейшим итогом этого этапа работ было открытие ДНК, РНК и генов. (Объяснение, что это такое, будет приведено ниже). |
Современные популяризаторы молекулярной биологии обычно объясняют что такое ДНК, как она устроена и "работает", но, как правило, не знают (или делают вид, что не знают), откуда она (точнее, они, разные ДНК) взялась(лись). Или же не придают этому вопросу должного внимания. А, может, просто не умеют сделать это достаточно ясным образом, простыми, понятными всем словами. Этим обстоятельством с удовольствием пользуются оппоненты теории самозарождения жизни. Из публикации в публикацию перекочевывает рассчитанная кем-то из них величина вероятности случайного самопроизвольного расположения атомов, совпадающая с их фактическим расположением в ДНК. Называются величины порядка 10 в минус 120-й степени и тому подобные ничтожные значения, для реализации которых, якобы, потребовалось бы число попыток большее, чем количество атомов во всей Вселенной. (Саму ДНК, ее строение и самостоятельную репликацию - деление на две части с образованием из них двух точных копий исходной - в наше время уже никто не подвергает сомнению). Судя по приведенному выше результату расчета, он мог быть получен только исходя из предположения, что все несколько десятков (или сот) миллионов атомов, входящих в состав крупной ДНК, одновременно и независимо друг от друга подошли из окружающего пространства к требуемым позициям и заняли их. Автор данной статьи глубоко убежден в бессмысленности такой методики расчета и о подобном способе самообразования ДНК. В природе все более сложное складывается из более простого, поэтапно, шаг за шагом. Поэтому данный сайт подходит к вопросу возникновения, устройства и "работы" ДНК прямо-таки диаметрально противоположным образом. Прямыми и не такими уж и сложными логическими соображениями здесь отслеживается последовательность образования сравнительно простых органических молекул из входящих в их состав атомов (см. предыдущую главу), а затем более сложных молекул из более простых. И так - вплоть до РНК, ДНК, генов и белков. Причем, это никакая не версия, а прямые (хотя и умозрительные) результаты наблюдения за последовательными физико-химическими преобразованиями в природе. Такой анализ основывается автором на общеизвестных и общепризнанных на сегодня исходных сведениях. Некоторые упрощения (а, возможно, и упущения) при описании "технологии" самозарождения и последующего существования ДНК и других компонентов живой материи допущены автором большей частью сознательно. И как непрофессионалом, излагающим материал для таких же непрофессионалов. (Об этом уже говорилось во вступительной статье Содержание и методология раздела О сайте). Главное для всех нас - понять суть дела и прийти к правильным выводам. При дальнейшем ознакомлении с материалом данной статьи (как и предыдущей) надо понимать, что плоские (двухмерные) структурные формулы молекул или их фрагментов на листе бумаги или экране монитора предназначены только для схематической передачи основных связей между их ближайшими атомами. Реально эти молекулы имеют сложное пространственное строение, которое и определяет окончательно все взаимодействия между разными частями молекул и взаимодействия между разными молекулами. Передать графически такое строение всех молекул крайне сложно, и такая задача автором сайта, в принципе, не ставилась. С подобными проблемами мы все уже сталкивались при изучении плоских географических карт, а кое-кто - еще и при изучении карт звездного неба. Из этих примеров становится ясно, что кое-что для понимания объемного мира все-таки дают даже и его схематические плоские модели. Но некоторые
молекулы таки представлены и в объемном виде, для наглядности и для
большей привлекательности всей данной статьи. Они выстроены автором
с помощью специальных химических программ, в достаточном количестве
имеющимися на просторах Интернета). |
.Исходные компоненты для возникновения биологических молекул |
При наличии даже небольшого (по числу видов) количества биогенных химических элементов, а также условий для быстрого протекания различных химических реакций (в идеале - воды в жидкой фазе), в природе очень быстро создаются десятки и сотни тысяч самых различных химических соединений, разного состава и разной структуры. Подавляющее большинство из них так и остаются никем не востребованными растворами, осадками или мертвыми породами. Но некоторые из этих соединений, с виду - мало чем, в принципе, от других отличающиеся, впоследствии обнаруживают способность создавать удивительные комплексные соединения уже и между собой. Одним из таких простейших соединений является т.н. фосфорный радикал следующего вида (Рис. 1.1): Радикал - не просто весомо звучащее слово. Это нечто, способное действовать чрезвычайно энергично (даже и в применении к общественной жизни). В данном конкретном случае такая способность вызвана двумя свободными валентностями, по одной на двух атомах кислорода. При наличии в окружающей среде каких либо атомов, они быстро присоединяются к свободным отросткам радикала. Обычно это бывают атомы водорода (гидрогена), наиболее распространенного во Вселенной химического элемента. И вместе с этими атомами этот радикал обычно и изображают. (Хотя после этого он, по существу, перестает быть радикалом в полном смысле этого слова). Большинство исследователей относят этот радикал к одному из "первокирпичиков" жизни. Невозможно спорить о важности этой структуры для возникновения и последующего развития жизни. Но автор данного сайта, проанализировав все имеющиеся в его распоряжении данные, пришел к выводу, что первоначальный вид подобного фосфорного соединения (по сути дела - одного из вариантов фосфорной кислоты), когда до органического изобилия соединений было еще очень далеко, был иным, а именно - таким (Рис. 1.2): Во-первых, в начале формирования звездно-планетных систем (в т.ч., Солнечной системы и планеты Земля) существовал не только "дефицит" благоприятных условий (о них тогда просто не могло быть и речи), но и дефицит требуемых материалов (атомов), которые в некотором ограниченном пространстве могли быть наперечет, буквально поштучно. Поэтому на таких ранних стадиях развития природы более вероятным было появление как раз более простых соединений.
Во-вторых, современными методами исследований показано и доказано, что во всех главных жизнеобразующих молекулах их фосфорная оконечность имеет ТРИ (а не четыре) атома кислорода.
Как уже показано в предыдущей статье (что, впрочем, и без того достаточно очевидно), подобные соединения (или их фрагменты) легко образуются самостоятельно, без какого-либо внешнего вмешательства. Лишь бы были исходные материалы, в данном случае - атомы фосфора, кислорода и водорода и углерода. Другой относительно простой совокупностью атомов, легко соединяющихся в молекулы, являются карбонатные или углеродные (С) радикалы. В ходе развития природы и формирования жизни они стали центральными (в т.ч., и чисто геометрически) звеньями любой биологической молекулы. Их таких существует всего два вида, да и то, едва различимых между собой (в правом блоке - на один атом кислорода меньше):
Эти радикалы содержат пятизвенные кольца, называемые пентозами. (Бледным оттенком показаны атомы Н, которые могут замещаться в химических реакциях, например, при соединении пентоз с рассмотренными ранее фосфатными радикалами). Есть ли в этих структурах что-нибудь особо сложное, не поддающееся пониманию и силе воображения? Хотя бы в том смысле, что и эти химические соединения безо всяких затруднений могли образоваться самостоятельно? Конечно же, нет, представить такое никакой трудности не составляет. Подобные структурные самообразования при наличии исходных материалов в достаточном количестве и на близком расстоянии друг от друга не только возможны, но и просто неизбежны. Как показано в предыдущей главе, нет ничего необычного и в самостоятельном образовании немного более сложных кольцевых структур, содержащих атомы азота. Главное, как всегда, - наличие достаточного количества "строительных" материалов. Которые, к тому же, в качестве первых шагов без каких-либо затруднений могут образовывать соединения типа СН4 и NН3. Первый, самый простой (из тех, которые участвуют в формировании биологических молекул) тип азотистого (или по другому - нитратного) радикала, широко распространенный в природе, представляет собой такую двойную пару, (два его варианта, аналогично случаю с С_r и C_d):
Существуют и другие природные азотистые радикалы. Например, такие (здесь выбраны только те их них, которые входят в формулы биологической химии, то есть, в состав живых клеток и их составляющих):
Белый цвет фона трех последних рисунков (не голубой и не желтый) означает, что данные радикалы являются универсальными и могут входить в состав любых биологических молекул. (О важных различиях радикалов, изображенных на голубом и желтом фоне, будет рассказано далее). Все пять азотистых радикалов являются основаниями будущих нуклеотидов. Что это такое, см. уже в следующем абзаце. |
.Нуклеотиды |
Все представленные выше радикалы, свободные или временно "подгруженные" одним-двумя простейшими атомами, вступают в реакции при всякой встрече с "подходящими", более весомыми соединениями (по типу реакций замещения), в том числе, и в реакции между собой, образуя в конечном итоге нуклеотиды.
Пришло время указать, что все радикалы (и их соединения), представленные на рисунках с голубым фоном (имеющие по дополнительному атому кислорода/оксигена у второго справа атома углерода/карбона в пятиугольниках/пентозах), вступают в реакции и образуют устойчивые связи только между собой и с универсальными основаниями, показанными на рисунках с белым фоном. И они сами, и образованные ими нуклеотдиды относятся к т.н. соединениям урацилового ряда - по названию самого первого (и самого относительно простого) азотистого основания этой группы - урацила (сокращенно У или U). Аналогично, все радикалы и их соединения, представленные на этом сайте на рисунках с желтым (и белым) фоном, вступают в устойчивые постоянные связи только в пределах своей группы. В их карбоновой сердцевине/пентазе отсутствует один "необязательный" атом кислорода, из-за чего сам этот радикал и все его последующие соединения в своих полных наименованиях и имеют начало "дезокси" ("обескисленные"). Из-за этой "мелочи" существенно меняется структура электронного облака в нижней части любого нуклеотида этого ряда, из-за чего становятся невозможными их прочные соединения с продуктами противоположного, урацилового ряда. Нуклеотиды являются уже довольно сложными химическими соединениями, поэтому и их полные названия довольно сложны. К тому же, все они имеются в нескольких различных вариантах. (Часть из них приведена далее, в таблице "Доп. информация"). Посетителям данного сайта такое запоминать совершенно не нужно. Поэтому, чтобы просто понимать, как идут дальнейшие процессы, нуклеотиды условно просто обозначаются первыми буквами образовавших их оснований У(U), Ц(C), А(A), Г(G), Т(T), Ц(C), А(A), Г(G). При этом иногда их выделяют цветом или индексами r или d (чтобы отнести их к тому или иному ряду, особенно, когда названия совпадают). Основополагающим нуклеотидом этого ряда является тимин (Т). По первой букве приставки "дезокси" все они (кроме самого тимина) и их карбонатный радикал обозначаются, в случае необходимости, индексом d .
Как же выглядят эти легендарные нуклеотиды? Опять ничего особенно сложного, этого всего лишь соединения рассмотренных нами ранее радикалов, по три всякий раз:
Здесь необходимо еще раз отметить, что данные плоские изображения далеко не в полной мере отражают внешний вид и особенности пространственного строения молекул, из которых, в значительной мере, вытекает и ряд их важных свойств. В первом приближении можно считать что левая (фосфатная) и правая (азотистая/нитратная) часть каждого нуклеотида лежит примерно в одной плоскости, а центральная часть (карбонатные пентозы) - практически в перпендикулярной. Это объясняется, в первую очередь, большой концентрацией атомов кислорода в соответствующих частях структур и сильным взаимным отталкиванием электронных облаков вокруг них. Немного ниже будут представлены рисунки, дающие более правильное представление о пространственном строении нуклеотидов. Для последующего перехода к построению и рассмотрению устройства более сложных, уже однозначно биологических объектов (РНК и ДНК), имеет смысл графически представить каждый нуклеотид в предельно упрощенном, условном схематическом виде, например, в таком (схемы специально выбраны такими, чтобы потом были наглядно видны их возможные сочетания):
Замена правой части формулы на другие существующие в природе азотистые радикалы и подбор соответствующих С-радикалов (с дополнительным атомом кислорода возле условно 2-го атома углерода или без него) создают нуклеотиды следующих видов:
Схематически
они могут изображаться, например, так:
Еще одна пара возможных сочетаний радикалов:
Схематически
эту пару можно изобразить так:
И, наконец, последняя пара возможных сочетаний (Рис. 12.1, 12.2):
Обозначим их схематически так:
В очередной раз вспомним, что этими условиями являются только наличие материалов (нескольких типов биогенных атомов) и среды, в которой они и их соединения могут взаимодействовать (в идеале - воды). Дополнительная
информация
(не обязательная, таблица, выделенная блеклыми цветами).
Чтобы получить более правильное представление о пространственном устройстве молекл нуклеотидов, а также для переключения внимания читателей из сферы умственной деятельности в область эстетического(!) восприятия учебного материала, ознакомимся с несколькими моментальными "снимками", сделанными в специализированных химических программах построения объемных (да еще и движущихся!) моделей молекулярных соединений. В качестве примера выбран нуклеотид аденин А_r (А_р). Разные его модели выстроены по разным методикам и с учетом разных приоритетов. Ниже представлена лишь незначительная часть результатов при различных подходах к их построениям. Атомы водорода, размещенные вплотную к тяжелым ядрам, образующим скелеты молекул, на рисунках условно не показаны. Цвета остальных атомов в моделях, выстроенных в разных компьютерных программах, совпадают не всегда, но принципиально это ничего не меняет.
И все же, объемные модели наиболее наглядны, если их рассматривать с разных сторон: Итак, как
показано выше, природа сама создала нуклеотиды. Что происходило с
ними дальше? (Точнее, происходило, происходит и будеть происходить впредь!
В чем мы убедимся уже в следующей подтеме). |
.Самообразование РНК и ДНК |
.Репликация ДНК (размножение удвоением) |
После описанного выше завершения формирования любой из первичных ДНК обе ее продольные цепи закручиваются и стягиваются настолько сильно и прочно, что это приводит к разрыву некоторого участка поперечных связей. (Это немного напоминает разрывы нитей полотенца при его чрезмерном выкручивании после стирки). Правда, другие считают причиной такого разрыва не чрезмерное закручивание, а как раз наоборот, раскручивание участка спирали (например, под действием тепла) и ослабевание поперечных связей (по той же или еще какой-нибудь причине). Так или иначе, на некотором участке ДНК (для незамкнутых в кольцо учебных моделей - с краю) возникает разрыв поперечных связей и ее нити (цепи) несколько расходятся. Рис.15 В образовавшийся разрыв тут же устремляются многочисленные свободные нуклеотиды, в изобилии содержащиеся в окружающей среде (или уже в клетке). Они комплементарно (по принципу "подходящести", см. выше) присоединяются к "раскрытым" звеньям в каждой нити, и тут же сращиваются через универсальный продольный карбонатный (т.н. "сахарный") соединитель и между собой, образуя две новые нити, ничем не отличающиеся от первичных, "родительских". Постепенно проходя через всю длину ДНК, этот процесс, в конце-концов, приводит к образованию двух новых ДНК, ничем не отличающихся от исходной.
Большими
черными стрелками на Рис.15 показано направление физического разделения
ветвей, а не упоминавшееся ранее направление их поляризации, которое
противоположно друг другу, см. ниже Рис.16. |
.Гены |
Кажущаяся бесконечной и монотонной двойная цепь, визуально не слишком значительно оличающихся друг от друга нуклеотидов (особенно, в наружном сахарно-фосфатном остове), удивительным образом несет на себе всю информацию об абсолютно любом признаке будущего (или уже существующего) организма (или растения), для которого данная ДНК предназначена. Как же можно хотя бы представить себе такое? Да и возможно ли это вообще?Оказывается, да. Несмотря на кажущуюся бессмысленность во взаимном расположении нуклеотидов в каждой цепи, оно то, это расположение, и несет всю требуемую информацию. Оказывается, что лишь последовательности нуклеотидов ТАЦ или ЦАЦ (это т.н. стартовые кодоны) могут являться своеобразным сигналом начала "записи" информации об очередном признаке биологического вида - так называемого гена.
Вся дальнейшая последовательность нуклеотидов разбивается на тройки (триады), которые могут затем особым образом "считываться" естественными средствами (или просто рассматриваться наблюдателем, хотя бы и умозрительно). Эта последовательность триад будет "осмысленно" продолжаться до тех пор, пока на пути считывания не возникнет одна из последовательностей: АТТ, АТЦ или АЦТ. Они являются сигналом на окончание "записи" данного гена (или т.н. терминирующими триадами). "Стартовые" последовательности (ТАЦ и ЦАЦ) могут входить и в состав центральной части любого гена, по ходу его записи, и там они, конечно, уже предстают в качестве обычных триад, а не стартовых. Поэтому перед вышеприведенным определением и было указано "могут являться", а не "являются".
На рис. 16 (см. ниже), в левой нижней части, на участке разделения цепей ДНК, условно выделенным зеленым цветом показано начало Гена 1 (ТАЦ, порядок рассмотрения - снизу вверх), желтым цветом - триады "тела" гена (их реальная длина - от нескольких десятков до нескольких десятков тысяч триад), а темно-серым - триада АТЦ конца гена. Последующие нуклеотиды являются промежутком, "пробелом" между генами, именуемым промотором (пока не попадется очередная "стартовая" группа). Рис. 16 Аналогично, в правой вертикальной цепи ДНК видно начало Гена 2, идущего сверху вниз (после стартовой "команды" ЦАЦ).
Если внутри гена, по ходу его развития попадается еще одна стартовая триада (не совпадающая с шагом триад первого гена!), то с нее может начаться другой ген, перекрывающийся с первым. Тогда между ними нет никакого промежутка (промотора). На Рис.17 это Ген 3: Рис. 17 Бывают
еще т.н. расчлененные и прыгающие гены, крестообразные
и завязанные в узлы ДНК, другие генетические чудеса и парадоксы, но
это все уже узкоспециальные вопросы, не имеющие отдельного мировоззренческого
значения. (А в принятой идеологии сайта нас интересуют, в первую очередь, именно они). |
.Копирование гена матричной РНК |
При разрыве поперечных связей, что возможно не только при репликации ДНК, а и "просто" под влиянием температуры или особых химических веществ - ферментов, в частности - полимеразы, в разрыв могут устремляться не только нуклеотиды ДНК-типа (d), а и РНК-типа (r), те есть, нуклеотиды т.н. урацилового ряда, синие на данном рисунке. (Описны они выше, в подразделе Нуклеотиды). Стоит только стартовую группу ТАЦ гена 1 захватить трем таким нуклеотидам (группа АУГ), по описанному выше комплементарному принципу, как все дальнейшее заполнение разрыва, до самого конца гена, будет проводиться уже именно (и только!) нуклеотидами r-типа. В результате формируется "синяя" цепочка, последовательность триад, которая и образует в конце-концов то, что называется матричной РНК. (Из-за того, что эта РНК как бы снимает отпечаток с гена).
Это очень важный для всей генетики термин. Кодоны как бы кодируют устройство и тип белка, производимого на следующем этапе при помощи матричной (и еще одной) РНК. Для упрощения
рисунка 17, РНК на нем условно изображена не в процессе снятия копии
гена в разрыве ДНК, а рядом с ней, снаружи. Это вполне допустимо, потому
что уже по мере снятия отпечатка с гена она действительно "вываливается"
из разрыва, а на ее место стают нуклеотиды ДНК-типа или, что еще более
вероятно при ферментной причине разрыва, он весь самозаполняется сам
на себя, как при закрывании застежки "молния". |
.Синтез белков |
После получения копии гена в виде матричной РНК начинается еще один чрезвычайно важный химический процесс - биосинтез белка. Популярно его никто и нигде не излагает. А все имеющиеся описания этого процесса содержат ту или иную долю загадочности и чуть ли не мистицизма. На самом деле, как всегда, в природе все происходит само по себе, по законам физики и химии. Для дальнейшего разговора предварительно стоит, видимо, пояснить (или напомнить), что существуют
Примеры: H2N - CH2 - COOH (глицин); H2N - (CH2)х4 - HCNH2 - COOH (лизин) и т.д. Аминокислоты легко взаимодействуют друг с другом прямым химическим образом, естественным образом синтезируя белки. Тип белков полностью определяется общей длиной и последовательностью аминокислот в цепи. Схема объединения АК такова, что от карбоксильной группы (COOH) любой первой аминокислоты отделяется OH, а от аминогруппы (HNH) второй - Н. Отделившиеся фрагменты дают молекулу воды, а образовавшиеся радикалы (остатки) аминокислот объединяются между собой. Этот
процесс из случайного и вяло текущего превращают в налаженный
и четко организованный рассмотренные выше матричные РНК (см.
далее). |
.Генетический код |
Подобно принципу комплементарности для нуклеотидов, существует и принцип соответствия каждому кодону мРНК своей аминокислоты, которая занимает свое место в будущей белковой цепи в строго определенном кодонами порядке. От комплементарности это соответствие отличается ярко выраженной односторонностью: каждой комбинации r-нуклеотидов в кодонах абсолютно точно и строго соответствует какая-то одна аминокислота, но одна и та же аминокислота может управляться разными кодонами.
(Обычно вместо подходящих говорят соответствующих. Но это "соответствие" практически ничего не объясняет. Кроме того, в определении получается тавтология соответствий - соответствующих). На основе выполоненных практических лабораторных исследований генетический код - таблица соответствия кодонов и АК на сегодня установлена абсолютно четко, на все 100%. Кодонов-триад по три любых элемента из возможных четырех существует 64 вида (даже и чисто арифметически, это 4 в степени 3): ААА, ААУ, ААЦ, ААГ, АУА, АУУ, АУЦ, АУГ, АЦА, ... , ГГЦ, ГГГ. А число привлекаемых к строительству белков аминокислот - всего 20. (Не будем перечислять все их названия, это никому не надо; автор данной статьи сам не знает и половины из них). Об этом явлении говорят, как об избыточности генетического кода. Таким образом природа как бы нивелирует некоторую чрезмерную спонтанность "допущенную" ею еще в самом гене, в реальной ДНК-цепи. Таблица генетического кода (эти сведения - только для очень любопытных) построена по принципу анализа и группировки конечных результатов - аминокислот. К этому исследователей, видимо, подвигало и то, что в значительной мере этот конечный результат на 80 - 90% предопределен уже первыми двумя нуклеотидами каждого кодона. Лобовая, чисто математическая попытка составить таблицу генетического кода могла бы выглядеть так:
Гораздо изящнее все это смотрится, если данную таблицу свернуть в тройной круг (названия аминокислот в наружном слое для экономии места записаны в сокращенном виде): Рис. 18 Названия кодонов надо читать по радиусам, начиная от центра. Снаружи круга можно прочитать сокращенные названия соответствующих им аминокислот. Зеленым цветом обозначены сектора стартовых кодонов генов, а желтым - терминирующие (финальные, финишные) кодоны, которым не соответствует ни одна аминокислота (из-за чего синтез белка на этом и прекращается). Эта картинка бывает и гораздо более красивой, например, такой (англоязычный вариант): Частично разобраться в этом рисунке и способе его построения поможет следующая таблица (расширенный вариант таблицы комплементарности, уже представшейся немного выше, на Рис.13 (а именно, А-Т (У-Т), Ц-Г и зеркально):
Названия всех аминокислот, синтезирующих белки, должны знать только специалисты-биологи, поэтому здесь не приводятся (чтобы не загромождать и без того перегруженную главу еще больше). В генетическом коде фигурируют нуклеотиды r-типа, а не ДНК-типа, (У или U - урацил, а не Т - тимин), потому что ключевым инструментом для синтеза белка является именно матричная РНК. Не исключено (это версия автора), что с помощью каждой такой РНК последовательно может синтезироваться несколько одинаковых молекул требуемого белка. Во всяком случае, не видно причин, мешающих этому. Если только данная РНК тут же не погибает. Еще раз повторим ранее сказанное о терминирующих (останавливающих копирование) триадах кода - процесс останавливается потому, что в природе не все может реагировать с чем попало иным, даже в узкой области аминокислот. Не стоит чрезмерно фетишизировать генетический код. Код - это всего лишь код, система обозначений. Не более, чем кириллический алфавит, с помощью которого написана данная статья. Или алфавит латинский. Или иероглифы. Или математические и иные формулы. Или музыкальные ноты на нотном стане. Ведь это всего лишь значки для обозначения и последующей передачи слов и мыслей. Главное же всегда - сами мысли.
Преобладающее влияние кодонов на результат процесса синтеза белков (и даже первых двух нуклеотидов в каждом кодоне) объясняется малым количеством привлекаемых для этого природных АК, всего 20 из 150 имеющихся. На то есть, как минимум две причины. Во-первых, их просто не может требоваться больше, чем самих кодонов (64). Во-вторых, структура и пространственное строение данного строительного материала должно быть более или менее однородным и унифицированным. В противном случае из-за резкой разногабаритности формируемых белковых нитей по толщине они, вероятнее всего, оказались бы слишком непрочными и непригодными для формирования каких-либо крупных образований. Не исключено, что попытки вступить в реакцию синтеза белков раньше предпринимали (а может, предпринимают и сейчас) и другие АК, да только результат этого был плачевен: молекулы незавершенного строительством белка распадались(даются) на фрагменты, пригодные разве что в пищу для других, более оптимально устроенных. Кстати, они (фрагменты) могут быть использованы и для собственных нужд, например, разделения данного белкоподобного материала ферментами на исходные аминокислоты (как и любого чужого белка), из которых затем начинается новая попытка синтеза (но не из всех, а только из оптимально устроенных, иначе процесс опять не дойдет до конца). Возможно,
каждый белок и сейчас строится далеко не с первой попытки. Мы пока
можем наблюдать только конечный результат этой работы и делать выводы
о "нужности" именно этих 20 аминокислот. А потом удивляемся,
почему же их используется только 20. |
.Рибосомные РНК |
Серьезным логическим препятствием на пути понимания генетического кода является одностороннесть соответствий кодон - АК. Прямо - однозначная зависимость, обратно - неоднозначная. Как это возможно (и возможно ли вообще)? Для снятия кажущегося противоречия надо умозрительно, чисто теоретически, представить себе, при каких условиях может срабатывать подобная логика. И что для этого нужно. Думается, что она может быть разрешена при помощи каких-то гипотетических соединителей-переходников, размещаемых между свободными концами нуклеотидов мРНК, и притягиваемой к каждой их троице (кодону) аминокислотой.Из поставленных условий такие соединители вполне можно "изобрести". Ясно, что они должны быть асимметричными. С одной стороны у них должно быть 64 варианта каких-то тройных отростков, для контакта с любым вариантом кодона РНК. С другой стороны этой гипотетической структуры должны быть отростки (на деле - это выступающие атомы), пригодные для связи с 20-ю наиболее оптимальными аминокислотами (число таких отростков может быть разным, требуемым для охвата всех 20 вариантов этих АК). Гипотетически (и в схематическом представлении) они должны выглядеть примерно так:
Оказывается, ничего изобретать не надо. Внутренний объем клетки буквально кишит подобными структурами - микроскопическими РНК, именуемыми рибосомными. В глобальных масштабах строительства ДНК и матричных РНК, копирующих каждый ген, подобные микро-РНК, вероятно, составляют своеобразный строительный мусор. А оказываются так кстати! Иногда эти рибосомные РНК называют транспортными (тРНК), из-за того, что они доставляют аминокислоты в зону доступности кодона. Однако, это далеко не главное в их функции. Такое действие могли бы и осуществить и многие другие структуры, можно было бы и вообще обойтись без этой операции. А вот без установления соответствия - никак.
Реальное строение таких рибосом выглядит (в схематическом представлении) примерно так:
Однако, всем требуемым для синтеза белков характеристикам, отвечают только 61 из тРНК. Для кодонов УАА, УАГ и УГА не находится соответствующего соединителя-переходника ни для одной из аминокислот. Поэтому ни одна из них в зону этих кодонов так и не попадает. Формирование белковой цепи прекращается на предыдущем, "значимом". А эти кодоны являются своеобразным знаком окончания процесса, или, как принято говорить, терминирующими (о них здесь говорилось уже и ранее). На рис. 18 они обозначены символом ТЕР в желтых секторах. Так как кодоны мРНК не свалились с неба, а были ранее отпечатаны этой матричной РНК с соответствующего гена ДНК, то и комплементарные этим кодонам триады гена АТТ, АТЦ и АЦТ являются знаками его (гена) завершения. (Это ответ на одно из "почему", ставившихся в первой половине статьи).
Начинается процесс синтеза белка всегда на одном из двух кодонов: АУГ или ГУГ. В генах этим кодонам комплементарно соответствуют триады ТАЦ или ЦАЦ. Поэтому они, как правило, и являются началом нового гена.
Высказанные автором версии причин начал и концов (белков и генов или, если угодно, генов и белков) могут кому-то показаться слишком наивными и упрощенными.
Еще один немаловажный термин:
Другие подробности о строении и функциях рибосомных РНК для новичков уже излишни. |
.Хромосомы |
Хромосмой называется центральная часть ядра живой клетки, состоящая из набора одинаковых ДНК, сопутствующего набора матричных (копирующих) РНК и синтезируемых ими аминокислотных последовательностей - белков. То есть, набор всего того жизненно важного, что только что было рассмотрено нами выше.В центре хромосом есть еще белковые сгустки (постепенно формируемые так же, как и любые другие белки, возможно даже - путем самопроизвольного синтеза АК), именуемые нуклеосомами. На такие сгустки цепочка ДНК как бы наматывается в 2 витка, "прилипая" к ним. Это имеет важное значение для последующего обмена фрагментами генов (или целыми генами) при слиянии половых клеток (ДНК не разваливается и не погибает, несмотря на временное изъятие из ее двойной цепи значительных отрезков - фрагмента гена и соответствующего фрагмента противоположной ветви, комплементарного первому). Сочетание ДНК и связанных с нею нуклеосом называется ядерным хроматином.
В простейших клетках (бактерии, вирусы) хромосомой иногда называют просто саму ДНК. В более развитых организмах число ДНК и образуемых ими хромосом в одной клетке может достигать нескольких десятков. В клетках человека содержится до 23 т.н. "тетрад" (четверок) хромосом, т.е., 92 очень похожих (практически одинаковых) хромосомы (но индивидуальные для каждой конкретной особи человека), содержащих в общем случае абсолютно одинаковые ДНК в слегка отличающемся окружении (РНК, результатов и "полуфабрикатов" их деятельности), как раз и являющемся другими компонентами каждой хромосомы. Тем не менее, под воздействием внешних условий, в любом, отдельно взятом нуклеотиде ДНК-цепи любой из хромосом возможны изменения, которые называются мутациями, и которые являются причиной изменчивости (одна из важнейших характеристик всего живого). Огромный запас хромосом, их кажущаяся избыточность, как раз и являются своеобразной гарантией выживания сложных биологических видов в условиях воздействия внешних факторов. Но само количество хромосом в клетке, рассматриваемое отдельно, не является фактором, предопределяющим наследственность. За это "отвечают" ДНК и расположенные в них гены. Противоречия между наследственной предопределенностью и теорией эволюции рассматриваются в главе Эволюция.
|
."Загадка" первичных белков и генов |
Большинство специалистов-профессионалов не только не объясняет, но таки и не знает причину появления первых молекул белков и генов. И даже не стесняются делать заявления о том, что синтез первичных информационных молекул является "фундаментальной загадкой современной биологической химии", главной нерешенной проблемой в вопросе происхождения жизни. А разве данная статья не описывает исчерпывающим образом весь этот процесс? Тем профессионалам, которые не были внимательными на соответствующих лекциях в пору своей студенческой юности, достаточно перечитать (на сей раз - внимательно) данную публикацию. И "загадка" рассеется. Другие
аспекты этой "загадки" рассматриваются и "разгадываются" в разделе Эволюция , подразделе "Почему жизнь именно такая?" (последнем в теме).
Каждый живой организм (и растения, и любые животные, в т.ч., человек) в ядре каждой своей клетки содержит, как минимум, одну ДНК. Строение ДНК достаточно подробно рассмотрено выше. В данной подтеме акцент будет сделан только на относительных количественных характеристиках ее составляющих. Каждая ДНК состоит из нескольких десятков (или даже сотен) ТЫСЯЧ (а то и миллионов) участков, именуемых генами (см. выше). В свою очередь, каждый реальный ген обычно состоит из нескольких тысяч "элементарных" составляющих (нуклеотидов, см.выше). На каждых ТРЕХ последовательно идущих нуклеотидах каждого гена отпечатываются (практически - в буквальном смысле) аминокислоты, из которых в последовательности, заданной данным геном, формируются белки (а позже - и клетки) данного организма. То есть, любой ГЕН многократно, в десятки, сотни, а иногда и в ТЫСЯЧИ раз больше любой аминокислоты.
Для обеспечения функционирования каждого организма требуется питание - получение специфических строительных материалов, содержащихся, главным образом, в других организмах (или их фрагментах) - растениях или других животных. Немногочисленные неорганические вещества, требуемые для питания, являются только счастливыми исключениями и вспомогательными материалами (например, соль и микроэлементы). Да и то, часть их таких неживых продуктов питания являются только продуктами жизнедеятельности живых (например, все сахара, уксус, спирт). Ну, и, конечно же, вода - универсальный (практически всегда - химически нейтральный) растворитель и переносчик. Питание
любого организма-потребителя (в т.ч., человека) сводится к расчленению
организма, являющегося пищей, на его мельчайшие составляющие. В
результате такой деструкции НЕ ОСТАЕТСЯ практически ничего
существенного и от любых более крупных биологических фрагментов пищи:
белков поедаемого организма и соответствующих им генов (как раз и "породивших"
эти белки). А вот они то (и только они) и являются строительным материалом для формирования СВОИХ (с точки зрения поедающего организма) клеток. (Этот процесс здесь для экономии места и времени повторно мы рассматривать уже не будем). Никакой чужой ген (громадина, с точки зрения "кирпичей" жизни - аминокислот и их составляющих) никаким образом не может "встроиться" целым и невредимым в ДНК организма-потребителя, ни при каких условиях. Подобно тому, как вагон не может стать в очередь пассажиров в билетную кассу в здании вокзала. Тем более, вагон поезда, сошедшего с рельсов, развалившийся на мелкие обломки. Это разнопонятийные и разногабаритные объекты.
Непонимание микробиологического механизма обмена веществ подавляющим большинством диетологов и практикующих врачей-недоучек приводит к распространению в обществе необоснованных страхов перед продуктами, изготовленными из генно-модифицированных организмов (или с их использованием), и "сведений" об их опасности (а то и прямом вреде). Ситуация усугубляется (а то и просто заказывается) лицами и организациями, поставляющими на рынок "чистые" продукты, "без ГМО". На
самом деле,
практически
никаких чистых продуктов давно не существует.
Человечество уже тысячи лет занимается так называемой селекцией растений, выведением их новых сортов путем перекрестного опыления специально отбираемых исходных видов. Давно выращиваются и различные гибриды растений (яблоко-груши, персико-сливы и др.) Только раньше люди делали это вслепую, не зная генетики и не понимая микробиологической сути процессов. То же самое касается и всех пород домашних животных (коров, свиней, коз, лошадей, ослов, буйволов, верблюдов и других). Все они давным-давно генно-модифицированные. Есть даже примеры межвидового скрещивания животных (самый известный из них - мулы). И никто из людей пока не умер от использования их мяса в пищу. Если не знать (и не пытаться вникать в) суть внутриклеточного обмена веществ, то в той же мере, что и ГМО, человеку следовало бы опасаться и потребления любой говядины (вдруг рога вырастут, за счет коровьих генов), любой баранины (чтобы не обрасти шерстью), и даже любых злаков (чтобы вместо мозгов черепная коробка не заполнилась зерном; впрочем, похоже, что у некоторых последнее как раз таки и случилось). А "спасение" от опасности смешивания генов искать… в каннибализме(!) Ведь только в этом случае в организм человека не попадало бы никаких посторонних генов... Разве это не логично? Странно, что такое не приходило в голову людям, опасающимся ГМО.
Анализ же микробиологической сущности обмена веществ места для сомнений в безвредности ГМО не оставляет. Если они, конечно, не затравлены (мышьяком, удобрениями или гербицидами) и не подверглись влиянию вредителей и болезней во время своего хранения.
Но все это (выделенное выше) уже не имеет никакого отношения к деятельности генетиков, целенаправленно разрабатывающих новые виды продуктов с ценными потребительскими свойствами и характеристиками, не представляющими никакой опасности в плане обмена веществ внутри организма человека (см. выше). Которые только и смогут, наконец, решить проблему питания человечества уже в недалеком будущем. Так что никаких научно обоснованных опасений для использования ГМО в пищу нет. Переплачивать за т.н. "чистые" продукты совершенно не рационально. Реальная
опасность генной инженерии состоит совсем в другом - возможности случайного
создания новых (возможно - чрезвычайно опасных для всего живого
на Земле) организмов. Но это уже совсем другая тема. |
_Предыдущая тема | |||||||||